Am 15. September 2014 begannen die Arbeiten für den ersten Bauabschnitt; insgesamt wurde die Höhle 19 Monate renaturiert. Die Wände der Höhle wurden intensiv gesäubert, sodass ein wunderbares Relief aus zahllosen Korallen, Stromatoporen (ausgestorbene, koloniebildende Meerestiere) und anderen Riffbewohnern freigelegt worden ist – ein unglaublicher Fossilienreichtum, der selbst von anerkannten Fachleuten als europaweit einmalig bezeichnet wird. Besonders hervorzuheben sind dabei die zahlreichen Nautiliden, die von den Paläontologen als Raritäten angesehen werden.
Während der Arbeiten wurden alte Einbauten, Aushubmassen, 10 cbm Elektroschrott und ca. 172 cbm Bauschutt (entspricht ca. 2752 Schubkarren) entsorgt sowie 1.100 neue LED-Leuchten installiert. Zahlreiche Gänge wurden nachhaltig zurückgebaut und renaturiert. Der dritte und letzte Bauabschnitt war mit 1.700 Schubkarren Bauschutt und einer Länge von über 300 Metern der letzte, größte und aufwendigste Bauabschnitt. Die Gesamtlänge der Gänge beträgt jetzt 5.821 Meter, 57 Meter neue Gänge wurden während der Arbeiten freigelegt. Durch die Beseitigung von 34 Stufen ist die Höhle nun so barrierefrei wie möglich gestaltet.
Der Arbeitskreis Kluterthöhle e.V. unterstützte die Arbeiten. So planierten und säuberten die Mitglieder u.a. die Wege von Verfüllungen, gruben Kabel der neuen Beleuchtung ein, halfen bei der Beseitigung der alten Beleuchtung und brachten die neuen Lampen durch Taucher an. Parallel dazu entdeckten die Mitglieder des Arbeitskreises neue, mit Tropfstein geschmückte Höhlengänge. Die Gebr. Born Werkzeugfabrikation unterstützte die Kluterthöhle zudem mit der Anbringung eines neuen Geländers.
Um die Höhle in einem neuen, energieeffizienten und ökologisch besseren Licht mit LED-Technologie erstrahlen zu lassen, wurde mit finanziellen Mitteln der Kluterthöhle und Freizeit GmbH & Co. KG innerhalb von vier Monaten eine neue Beleuchtung eingebaut. Dadurch ergibt sich eine erhebliche Energieersparnis. Selbst Kenner der Höhle erleben jetzt eine bizarre, neue Unterwelt. Besondere Höhepunkte sind zwei neue Lichtshows mit musikalischer Untermalung.
Die NRW-Stiftung ermöglichte die Durchführung der Renaturierungsarbeiten, als sie im Frühjahr 2016 dem Arbeitskreis Kluterthöhle e.V. einen Zuschuss in Höhe von 50.000 Euro für die Sanierung und Renaturierung des zweiten Bauabschnittes gewährte. Mit 57.000 Euro förderte die NRW-Stiftung dann den dritten Bauabschnitt. „Die Kluterthöhle und Freizeit GmbH & Co. KG ist der NRW-Stiftung zu besonderem Dank verpflichtet. Wir freuen uns, dass unser Wohnzimmer, die Kluterthöhle, durch die Renaturierung jetzt noch mehr Strahlkraft besitzt. Ich lade alle Ennepetaler ein, sich auf den zahlreichen Führungen ein eigenes Bild zu machen“, so Florian Englert, Geschäftsführer der Kluterthöhle und Freizeit GmbH & Co. KG.